De structuur van de zelfaanzuigende vortexpomp is zeer eenvoudig. Omdat de pomp minder interne structuren heeft, heeft deze een betere flexibiliteit en onderhoudbaarheid, waardoor onderhoudskosten worden bespaard.
Er bevindt zich geen vloeistof in de pompkamer voordat de zelfaanzuigende vortexpomp wordt ingeschakeld. Nadat de pomp is ingeschakeld, worden de lucht en de vloeistof in de pompkamer echter geroerd om een draaikolk te vormen, waardoor zelfaanzuiging wordt bereikt en vloeistof in het pomplichaam wordt gepompt.
De vortex zorgt ervoor dat de vloeistof in de pompholte een terugstroom vormt, wat ervoor zorgt dat de vloeistof bij de inlaat in ieder geval niet terug in het medium zal stromen, maar direct door de zelfaanzuigende vortexpomp zal worden weggepompt.